üst dizine attığınızda php dosyalarının üst dizini görmesi gerekli dosya yetkilerini doğru şekilde verin ne kadar saklasanızda eğer php nin bazı özelliklerini kapatmazsanız c99 gibi scriptler ile bu klasör görünür, ayar.php ve index.php atmanız yeterli ana dizine ayar.php de tüm ayar ve yapılandırma index.php de include ları yaparsanız bunlarıda şifrelerseniz sorununuz çözülür sanırım Uğraşmayacağım derseniz güncelleme scripti yazıp root vb. yetkisiyle toplu güncelleme de yaptırabilirsiniz tüm klasörlere.