Konu php değil hocam lakin index.php dosyasının içindekini

<link rel="stylesheet" href="theme/css.css" type="text/css" />

Bunu

<link rel="stylesheet" href="a/theme/css.css" type="text/css" />

Bununla değiştirip deneyin eğer çalışırsa .htaccess probleminiz var demektir.