MKV formatı ile ilgili her türlü işlemi mkvtoolnix (mkvmerge) ile yapmanı öneririm. Piyasadaki tartışmasız bir şekilde en rahat ve en iyi mkv yardımcısı programdır. Altyazı gömme, ses ekleyip çıkarma vb. işlemleri kolaylıkla yapabilirsin. Şurada bununla alakalı güzel bir anlatım mevcut.