tek döngüye ek olarak linux sunucu dosya sayısı limitleri var.
tek seferde 300k dosyayı silmek için dosya işlemleri kodu yerine exec ile rm -vrf komutunu kullanabilirsiniz. dosya sistemi php den daha hızlı reaksiyon verecektir muhtemelen.
ssh den bile silmeye kalksanız 300k dosyayı silmek epey vakit alır.