SSH ile sunucuya bağlanın,
mkdir ioncube komutu ile ioncube adında bir dosya oluşturun
cd ioncube ile dosyaya geçin
http://www.ioncube.com/loaders.php
adresinden sisteminize uygun ioncube u wget ile sunucuya çekin
tar -zxvf dosyaadi.tar.gz komutu ile dosyayı çıkartın

cd ~ ile root dizinine dönün
mv ioncube /usr/local ile ioncube dosyasını localin içine atın
php.ini dosyanızı nano komutu ile açın
ctrl + w ile zend_extension aratın (genelde en sonda olur)
altına aşağıdaki satırı ekleyin
zend_extension = /usr/local/ioncube/ioncube_loader_lin_4.3.so (sisteminize uygun indirdiğiniz sürümü yazacaksınız )
ctrl + x ve y diyerek kaydedip çıkın
/etc/init.d/httpd restart diyerek httpdyi yeniden başlatın

sorunuz olursa yardımcı olmaya çalışırım