Ares arkadaşım dediği doğrudur.
Ama sitede çok fazla url değiştirdiysen,
Eğer sitemapin varsa
yeni urları bir süre sitemape ekleme, Google sitenden zaten yenilerini bulur.
eskileri bir süre dursun.
.htaccess te eski urları ilgili yeni urla yönlendir [R=301,L]
Böylece 404 hatası oluşmaz.
Hem eski urların değerlerini yenisine aktarmış olursun.
404 sayfalarını google da işaretlesen bile hemen kaldırmıyor.
Ayrıca çok fazla 404 hatası google nezdinde olumsuzdur.
en iyi yöntem yönlendirmedir.
Tabiiki bu benim düşüncelerim ve tecrübem.

Saygılar