Durduk yere değil sanırım sunucu kurulumu yeniden yapılmış.
site bazlı yapmak için .htaccess dosyasına,
sunucu bazlı ayarlamak için apache'nin httpd.conf dosyasına şu satırı ekleyin:
DirectoryIndex index.php index.html index.htm
Aynen geçici bir çözüm olsada etkili bir yöntem. Yinede httpd.conf dosyası ayarlanmalı.