Şu an seyahat halinde olduğum için ayrıntılı düşünmedim ancak şöyle bir yapı oluştu kafamda...

Ürün Ekleme sayfasında, öncelikle ürünün genel özelliklerini ekletirdim. Ardından Ürüne konfigürasyon seçeneği ekle gibi bir kısım yapardım ve orada örneğin;

* wood başlığı altında hangi ağaç tipi seçeneklerinin olduğunu seçerdim. (bunlar da veritabanında kayıtlı olabilir.)
* daha sonra ağaç tipi ihtimalleri gelirdi ve o ürünün hangi ağaç tiplerinde çeşitleri olduğunu checkbox ile seçerdim.
* Wood mantığı ile aynı şekilde Covering başlığı altında deri tipi seçeneklerini listelerdim.
* Seçilen deri tipi seçeneğinin altında yine olabilecek tüm ihtimaller listelenirdi ve ben o ürünün olabilecek deri tipi özelliklerini checkbox ile seçerdim.
* Daha sonra bunları bir formdan alıp bir diziye alır, json_encode() ile işleyip konfigürasyonlar isimli bir tabloya yazardım

-urun_id
-urun_konfigurasyon

Örneğin ürünün id değeri 1453 olsun.

-- urun_id -- urun_konfigurasyon
-- 1453 -- {"wood":["xx","yy","zz"],"covering":["aaa","bbb","ccc"]}