Eğer bahsettiğiniz 1. sorunda üstüne gelince arkaplan rengini değiştirmek istiyorsanız, main.css dosyasında şu satırları bulun.

#navigation li:hover {
	background-color: #45c6e6;
	cursor:pointer;
}

background-color: #45c6e6; kısmını değiştireceksiniz.

Türkçe karakter konusunda tam olarak istediğinizi anlayamadım. Ama kodlara ulaşabiliyorsanız şunları bir deneyin.

http://pehepe.net/php-turkce-karakter-problemi/
http://pehepe.net/php-mysql-turkce-karakter-sorunu/

Logo problemine gelince. Arama formunu biraz daraltın. zaten bu style dosyasının içinde değil direkt olarak kodlarda belirlenmiş. Bunu darattıktan sonra uygun yükseklikte bir imaj dosyasını buraya koyup, float:left olarak belirleyeceksiniz. Unutmadan, bunu yapmadan önce arama formunu da float:right; olarak değiştireceksiniz. Eğer logo dosyanız o alandan daha yüksek olacaksa, bu sefer yüksekliği de artırmanız gerekli.