Elinizde 1 milyar tane 3 sütunluk vt olduğunu söylemişsiniz, Ancak ve tablolarda ne kadarlık bir veri var ? Ayrıca herhangi bir ilişki mevcut mu ?
Herhangi bir ilişki mevcut değilse ve vt'de tek tablo ve 3 sütun var ise yapabileceğiniz MSSQL işinizi görecektir kanaatindeyim.
Ama rob33n'in dediği gibi NoSQL db'lerde çok çok daha hızlı sonuçlar elde edebilirsiniz. Ancak o konularda işinin ehlini bulmak biraz sıkıntı olabilir