// $icerik değişkeni veritabanından gelen değer

$icerik = nl2br($icerik, false);
$icerik = '<p>' . str_replace('<br>', '</p><p>', $icerik) . '</p>';

Daha gelişmiş bir çözüm isterseniz CodeIgniter Framework'ünün Typography sınıfını kullanabilirsiniz. Bağımsız çalışabilen bir sınıftır.