Şunu yaparsanız symlink engellenir gibi direk bir çözümü yok maalesef detaylı olarak bazı güvenlik kuralları eklemek gerekiyor, kaba taslak özetlemek gerekirse mod_securityi güncel kurallarla çalıştırmak, followsymlink gibi kuralları php taraflı engellemek symlink süreçlerini süreci başlatan hesap dışındaki hesaplarda deaktif etmek, apache dso modda çalıştırarak özel php.ini çalıştırılmasını engellemek gerekiyor.