dediğim gibi sunucu kaynaklı modrewrite desteği apache derlerken aktif değilse..senin dediğin sorun yaşanır..yani ayarlar ile işin içinden çıkamayabilirsin..

kısaca google bu şekilde indexlemesi ayar + htaccess + sunucu kaynaklıdır

detaylı bilgi dediğin kısımda zaten bu..sunucu nasıl ayarlandı bilmiyoruz..rewritebase ile permalink ayarlarını aktif hale getiriyorsun ve o dediğin id vs de kalkmış oluyor..