Indexi tema kodlarına atıyorlar, FTP'den bulup kaldırmanız olanaksız.
phpMyAdmin'den temayı sıfırlamayı deneyin ya da elinizde çok eski olmayan bir yedek varsa o tarihe dönün en sağlamı.

Açık; yer sağlayıcınızdan kaynaklanıyor da olabilir, hosting seçiminize de dikkat edin. Dediğim gibi eklentilerden kaynaklanıyor mu diye kontrol için config.php'ye bir kod ekleyerek tüm eklentileri pasif konuma getirebilirsiniz.

Geçmiş olsun.