php'nin ftp fonksiyonlarını kullanarak yapabilirsin.
<?php
$eskisi = 'somefile.txt.bak';
$yenisi = 'somefile.txt';
// Temel bağlantıyı kuralım
$conn_id = ftp_connect($ftp_server);
// kullanıcı adı ve parola ile oturum açalım
$login_result = ftp_login($conn_id, $ftp_user_name, $ftp_user_pass);
// Dosya ismini $yenisi yapalım
if (ftp_rename($conn_id, $eskisi, $yenisi)) {
echo "$eskisi dosyasının ismi $yenisi olarak değiştirildi\n";
} else {
echo "$eskisi dosyasını ismi $yenisi ile değiştirilirken bir sorun çıktı\n";
}
// bağlantıyı kapatalım
ftp_close($conn_id);
?>http://php.net/manual/tr/function.ftp-rename.php