<?php query_posts($query_string . '&cat=-3,-8'); ?>
 <?php if ( have_posts() ) : while ( have_posts() ) : the_post(); ?>

3 ve 8 numaraları kategorilerdeki yazıları yazdırmamak için.
tabi üstteki kod category.php iniz tanımlı değil ise sıkıntı çıkartır, çıkartmaması için;

<?php if ( is_home() ) {
query_posts($query_string . '&cat=-3');
}
?>
<?php if ( have_posts() ) : while ( have_posts() ) : the_post(); ?>