En sağlıklı yöntem define ile erişimi engellemek , Konu içerisinde _LosT_'un dediği gibi ;

index.php dosyanızda bir define tanımlayın

<?php
define('INDEX' , TRUE);
include 'alt.php';
?>

buda alt.php olsun ;

<?php defined('INDEX') or die('Erişim engellendi.!'); ?>
html...