alan2 divini alan1 divinin içerisine alıp positionları ters yaparsanız sorun çözülür.
<STYLE type=text/css>
.alan1{
z-index:1;
position:fixed;
width:100%;
height:50px;
bottom:0px;
left:0px;
background:red;
overflow:hidden;
color:#fff;
}
.alan2
{
z-index:2;
position:absolute;
top:0px;
left:0px;
height:50px;
width:50px;
background:#333;
}
</STYLE>
<div class="alan2">
<div class="alan1"></div>
</div>