Bildiğim kadarı ile kod şifreleme tekniklerinden birisidir.
Scriptin ana dosyası ( en çok işlev gören php dosyası ) şifrelenir ve istenirse lisanslama yada uzaktan kontrol sistemleri eklenir.

Kullanan kişi bu dosyayı silemiyeceğine göre erişini kısa bir süreliğinede olsa engellemiş olursunuz.

Md5 de yapsanız ioncubede yapsanız farklı şeylerde yapsanız çözülemeyecek hiçbirşeyin olmadığını düşünüyorum