Doğru anladıysam alan1 sayfanın yukarısında, alan2 ise footer'da olacak. alan2 alan1 divinin içerisinde olacak. Bu durumda aşağıdaki gibi dener misiniz?

<STYLE type=text/css>
.alan1{
    z-index:1;
    position:absolute;
    width:100%;
    height:50px;
    bottom:0px;
    left:0px;
    background:red;
    overflow:hidden;
    color:#fff;
}
.alan2
{
    z-index:2;
    position:fixed;
    top:0px;
    left:0px;
    height:50px;
    width:50px;
    background:#333;
}
</STYLE>  

<div class="alan1">
<div class="alan2"></div>
</div>