sitenin ana url adresinin kaldırılmasını iptal edin..böyle yaparsanız komple kaldırmış olursunuz bunun yerine sitenizin alt yapısına göre uygun bir 404 redirect script yada plugin ile bu işi çok rahatlıkla halledebilir sorunlu sayfalarınızın uygun konuya yönlenmesini sağlayarak yada ana sayfaya yönlendirilmesini sağlayarak google gözünde sitenizin değerinin azalmamasını sağlayabilirsiniz..
alt sayfalarınızda pr li linkler varsa bunları tekrar düzenlemeniz gerekecektir..
eski url ile yeni url yapısı htaccess ilede düzeltilebilir bu konuda gerekli dökümanları internette bulmanız mümkün..kolay gelsin..