Arkadaşlar teşekkür ederim kör-topal bir şekilde jungle arkadaşımızın söylediği gibi halledebildim.

Eclipse indirme bölümünde çok alternatif vardı kafam karıştı baktım en çok indirme sayısı hangisi ise onu indirdim
Programı kurunca epey karışık geldi (java bilmeyene normaldir öyle gelir)
Sıfır bir proje oluşturdum, oluştururken sorular soruyor üzmedim hepsine seveceği cevaplar verdim.
Sonra import vardı File menüde tıkladım orda da ne tür bir import diye sordu Web Servisi seçtim altında .WAR dosyasını gösteriyor çünkü.
Importu yaptı sorunsuz.
Denemek için WAR içindeki HTML lerden birinin içine girip bir kaç yer değiştirdim sonrada Export a tıkladım WAR olarak export ettim.
Gerçi 7 MB lik WAR oldu ki 5 MB ama bunun nedeninin paketleme tarzı olduğunu düşünüyorum çünkü eski ile yeni WAR ı winrar ile açınca her ikisinin de boyut ve dosya adetleri aynı.

Zaten yeni WAR ı siteye attım yaptığım değişiklikler görünmekte ve düzgün çalışmakta.

Projemdeki sorunları umarım halledebileceğim en büyük sorun SQL deki türkçe hataları. Projede iki SQL kullanılıyor biri KAYIT sitesindeki SQL (linux) diğeri programın Serverindeki ana sql (WINDOWS). Kayıt formuna girilen türkçe harfler malesef ana sunucuya soru işareti olarak yansımakta bu da sorun çünkü şifresinde türkçe kullananlar kayıt olabiliyor ama ana sunucuya login olamıyor.

@Jungle teşekkür ederim yardımın için