ftp nizde shell dolaşıyordur. görmeden bişey söylemek zor ama yönetim sayfanızı da değiştirmiş olabilirler. db şifrenizi v.b. değiştirmiş olabilirler. bir çok şeyin incelemek lazım.

en temiz çözüm yeniden kurmak, yine hacklenirseniz hosting firmanızı değiştirin bence