şu şekilde yapabilirisn ;
While döngüsünün içinde bir tane değişke oluşturup o değişkene her while içinde 1 artırırsan sonuca ulaşırsın.

while(dönecekdegerin)
{
$artilacaksayi = 1;
echo "<li \" id=\"nav-fragment-".$artilacaksayi."\"><a href=\"#fragment-1\"><img src=\"http://forum.ceviz.net/images/1.jpg\" alt=\"\" /><span>".$t."</span></a></li>";
$artilacaksayi++;
}

anlamadıysan daha ayrıntıya inebilirim.