Karşı taraf sadece belli iplerinden kendi mysqllerine login olunmasina izin vermis olabilir ya da sizin sunucunuz bu porttan disari cikamiyor olabilir.
Anlayabilmek için,
Kendi sunucunuz da
service iptables stop
service apf stop
service csf stop
dedikten sonra deneyin.
Olmuyor ise karsi taraf (mysql'i barindiran taraf) ile gorusebilirsiniz.