utf8_general_ci kullanın ve php kodda : ISO-8859-1 yerine ISO-8859-9 kullanın
dediğiniz gibi veritabanını utf8_general_ci yaptım config dosyasında set names utf8 i kaldırınca veritabanına ğ yi ððð olarak kaydetmeye başladı.Kaldırmazsam eğer ı ğ gibi harfleri hiç yazmıyor veritabanına.