Aşağıdaki gibi bir yöntemli sorunu çözdüm, fayadası olması niyetiyle;

$mesaj = "Yazıdaki sadece bbb.com ifadesinin geçtiği url leri link yapmak istiyorum bunu nasıl yapabilirim. Kaynak: http://www.bbb.com http://www.ccc.com http://www.bbb.com/konu/baslik http://www.eee.com";

$mesaj = preg_replace('@(https?://www.bbb([-\w\.]+)+(:\d+)?(/([\w/_\.%-]*(\?\S+)?)?)?)@', '<a href="$1" target="_blank">$1</a>', $mesaj);