webmastertoolsa giris yap, ilgili siteni sec. Sol tarafta configuration > sitelinks kismi var. ordan istedigin linkleri ekle. Zaten oraya girdigin zaman sana <learn more> diye bi link gosteriyor detayli bilgi icin, o link te seni buraya yonlendiriyor daha fazla bilgi almak istersen: https://support.google.com/webmaster...n&answer=47334

Anasayfadan stabil link çıkışı olan yerlere verir. Önce kafasına göre seçer muhtemelen anasyafadan sonra en çok geçilen adreslere göre. Sonra sen müdahale edebilirsin webmaster tools üzerinden. Ama eğer alt linklerin açılmadıysa webmasters tools üzerinden herhangi bir şey göremezsin. Konunun yeri php programlama değil google optimizasyon olmalı.