Çok önemsiz bir seviyede yavaşlama olacağından include yapmaktan çekinmene gerek yok.

Ben tercihen include'larımı harddiskteki tam yeri gösterecek şekilde yapıyorum:

include('/var/www/vhosts/domain.com/httpdocs/include/file.php');

Bu şekilde absolute path kullanmanın çeşitli faydaları var hız açısından. Ama yine de öyle abartılacak bir fayda da değil.