Kullanım yerine göre değişir, genel bir kalıbı yoktur. Performansdan söz edeceksek direk MVC Framework kullanın derim zaten.
Genelde programcıların kullandığı;
Ayarlar dosyası ( DB, Site ayarları )
Fonksiyonlar dosyası ( Function ile oluşturulan fonk.)
Template Dosyaları ( Header, Footer)
Class Dosyaları ( Oluşturulan kütüphaneler)
Bunları bir klasörde toplayıp

<?php
include 'inc/functions.php';
include 'inc/ayarlar.php';
include 'inc/header.php';
echo 'içerik kısmı, kodlar vs.';
calisfunctioncalis();
include 'inc/footer.php';
?>

gibi kullanırız mesela header kodları footer kodlarını kısaca her sayfada birden fazla sayfada kullanacağımız şeyleri include yaparız böylece onlarda bir değişiklik istediğimizde tüm sayfaları tek tek açıp bakmak yerine include edilen dosyayı düzelttiğimizde tüm dosyalarda değişiklik otomatik gerçekleşir, include un kullanılım amacı budur.