Sorunu çözdüm.

Arkadaşlar da faydalanır diye vereyim.

Birincisi godaddy yeni oluşturulan htaccess dosyalarını hemen tanımıyor. 1 saat içinde çalışmaya başlıyor. Bu sadece yeni oluşturmalarda ve silmelerde böyle. Daha önce upload ettiğiniz bir htaccess varsa ve düzenlerseniz anlık olarak yansıyor.

Benim ana dizinimde bir htaccess dosyası vardı. Ben scriptimi alt klasöre attım ve onun da içine bir htaccess dosyası koydum. Sorun burada. Alt dizindeki htaccess dosyasında index yazmak yerine üst dizinde altdizin/index yazarsanız sorun çözülüyor.