Normalde ücretli olarak şunu kullanabilirsin. İstediğin her işlemi yapabiliyor.
http://www.pdf3d.com/pdf3d_overview.php

Acrobat 3d sdk javascript ile kullanılabiliyor ama .net tarafını bilmiyorum.
Xna ile bişiler yapılabilir belki, araştırmak gerek ...
http://www.adobe.com/devnet/acrobat/downloads.html