ioncube sadece lisanslama ve encode yapmaz. Önce php kodunu derler ve makine koduna çevirir ondan sonra karıştırma ve şifreleme yapar. Bu yüzden ioncubelü dosyalar açık kaynak kodlu dosyalardan daha hızlı çalışır çünkü sadece şifrelenmiş lisanslanmış olmaz dll dosyaları gibi makinenin okuması için derlenmiş hale geçer.
http://www.ioncube.com/benchmarks.php