Linux ile Windows sunucu arasında chmod harici hiç bir fark yoktur. Yalnız dikkat edilmesi gereken nokta chmod 777 yani oku, yaz, çalıştır yetkisi verilmiş dahi görülse unix sistemlerde cp sebebiyle scriptinizde upload aşımının bir satır üzerinde gerekli chmodu belirtmeniz gerekir. Diğer bir yanılgı da şudur. Win srv'lerde klasör ve dosya adlarında büyük küçük harf ayrımı yapılmazken unix sistemlerde dikkat edilmesi gereken bir noktadır.