Anladığım kadarıyla olay şundan ibaret. Siz public_html klasörünüzün adını değiştirdiniz. Hosting şirketiniz de mütemadiyen sadece public_html yedeğini alıyor. Siteleri başka bir sunucuya taşıma vs. gibi bir durum oldu ve sadece public_html yedeklerini attılar. Sizin de public_html dosyanızın adı değiştiği için o yedeği almamış oldular. Yeni sistemde silinmiş oldu.