All in one seo eklentisi kullanıyorsan, Kategori Sayfalarında noindex kullan: seçeneğini tıklamış olabilirsin.
Kategori linkine tıkla ve kodlara bak.Noindex gibi bir komut varsa o google o linki indexlemez.
Google sitemapa gelince bende Site haritası içeriği bölümündeki tüm tikler işaretli.
Birde onun altında birde Hariç tutulacaklar bölümü var.O kısımda kategorileri hatalı olarak yine seçmiş olabilirsin.

Ancak şöyle bir konu var, sitemapte bir sorun olduğunu düşünmüyorum çünkü orda kategorileri hariç tutman sadece kategori linklerini sitemaptan cıkarır.Ancak bir konu yazıyorsan konu içinde kategori yer aldığı için google o linki görür ve indexler.

Kategorilerin indexlenmesi çok hızlıdır bir yazıdan farkı yoktur.
Tahminimce kategorilerinde noindex var.Başka türlü indexlenmemesi için bir sebep yok.Zaten konularım anında indeleniyor diyorsun.
Kategori sayfasının kodlarını bir gözden geçir derim.