phpmyadmin üzerinden mysql istatistiklerine bakarak ortalama sorgu sürenizi görebilirsiniz, matematiksel hesaplar yapan php dosyalarınızın olmadığını farzedersek php, mysql sorgularının uzun sürmesi yüzünden bu şekilde askıda kalıyordur.

wget mysqltuner.pl
chmod +x mysqltuner.pl
./mysqltuner.pl

bu komutları çalıştırarak mysqli optimize yapabilirsiniz. (mysql sunucunun minimum 24 saattir resetlenmemiş olması tavsiye edilir)