Şöyle bi' şey denedim.
Önemli bir iki tane fonksiyonu bi' değişkene atadım.
$aa = base64_encode("phpkodları");
daha sonra o php kodlarının asıl konulması gereken yere de şunu yazdım:
eval(base64_decode($aa));
Sonra bunu ioncube ile şifreleyip sunucuya attım. Sorunsuz çalıştı.
Daha sonrasında ise kullandığım 3-4 tane ioncube decoder programı ile o dosyayı decode etmeye çalıştım ve hata verdi. Dosyaların hepini boş çıkardı.
Daha da güvenli hale getirmek için bir kaç defa base64 ile encode edebilirsiniz. Hatta kodları bölüp base64 ile encode edip eval ile yazdırıp birleştirebilirsiniz. Sonrasında ise ioncube'un son versiyonu ile şifreleyebilirsiniz.