isterseniz get ile isterseniz form oluşturup post ile yaptırabilirsiniz
GET için dosya.php?dosyaad=asd
POST için <input type="text" name="dosyaad">
yukardaki tarz yapabilirsiniz php içerisinde ssh komutunu çalıştırmak için exec komutu mevcuttur

exec("mkvmerge '{$_GET['dosyaad']}.avi' -o '{$_GET['dosyaad']}.mp4'";

yada

exec("mkvmerge '{$_POST['dosyaad']}.avi' -o '{$_POST['dosyaad']}.mp4'";

şeklinde.