mysql ve php aynı sunucu üzerinde çalışıyorsa farketmez. Çünkü ikiside işlemci kullanır.

mysql ve php ayrı sunuculardaysa işlemci kullanımı hangisinde düşükse o kısıma yüklenmek doğrudur.
Yani çok büyük bir databaseniz varsa ve mysql cok işlemci kullanıyorsa while ile iç içe döngü yapılabilir. Aksi her durunda inner join avantajlıdır.