sorun mantıkta çözülmüştür. cpanel backup root dan atıldığı için izinler root da kalmış bu yüzden alt klasörlerdeki php dosyalarına remote dan erişim yok. kendi içinde çalışıyor yani sadece.

basit çözüm için tüm dosyaları hosttan silip normal ftp programıyla yollamak yeterli olacaktır.

hızlı çözüm için ise ssh dan klasördeki root yetkilerinin hosta geçirilmesi gerekmektedir.

-----------------------------------------------------------

ayrıca litespeedde de problem olabilir. zira siteyi incelediğimde ana dizinde timthumb çalışıyor fakat alt dizinlerde access denied sorunu vermektedir.