$deger = '1,2,3,4,5';
$silinecek = '3';
$dizi = explode(',',$deger);
$dizison = array_diff($dizi,$silinecek);
$sondeger = implode(',',$dizison);

denemedim ama, olmazsa düzenleyebiliriz. bu tarz bi mantık kullanılabilir.

ek olarak:
array_diff kullandık, bu aslında silme işlemi değil iki dizinin birbirinden farkını buluyor. o nedenle şöyle bir düzenleme yapalım:

$deger = '1,2,3,4,5';
$silinecek = array('3');
$dizi = explode(',',$deger);
$dizison = array_diff($dizi,$silinecek);
$sondeger = implode(',',$dizison);