mysql_* fonksiyonlarının kullanılması zaten önerilmiyorken bir de çoklu veritabanı için bunu yapmanız bence hiç doğru değil. PDO veya mysqli kullanın.

mysqli

$db1 = new mysqli('localhost', 'kullanici-adi', 'sifre', 'veritabani');
$db2 = new mysqli('localhost', 'kullanici-adi', 'sifre', 'veritabani');

$sorgu = $db1->query();

while ($satir = $sorgu->fetch_assoc())
{
}