Merhaba hocam;

.htaccess dosyasını açınız en alta RewriteRule ^site.js tumjs.php [L] yapıştırınız. Daha sonra public_html'ye tumjs.php dosyasını gönder.

tumjs.php içine

<?php
$base = 'siteadi.com'; # / unutma!
echo '
<script type="text/javascript" src="'.$base.'js/jquery-1.7.2.min.js"></script>
<script type="text/javascript" src="'.$base.'js/functions.js"></script>
<script type="text/javascript" src="'.$base.'js/jquery.autoSuggest.js"></script>';
?>

ekle sonra header.php açıp <script type="text/javascript" src="site.js"></script>

inş sorun olmadan bunu aşmış olacaksın.