Aynı problemi daha önceden bende yaşamıştım. Yabancı kaynakları araştırdığımda z-index değerlerini en büyük değerden en küçük değere doğru sıralamamız gerektiğini öğrenmiştim. yani bu değerleri verirken sitenin en tepesinden başlamanız gerekiyor. IE problemlerini bu şekilde aşabilirsiniz.