open_basedir veya fonksiyonları kapatma sadece php için geçerli olacaktır. yani perl desteğin varsa perl ile yine aşılabilir.

chroot tek başına da yeterli olmaz. apache kullanıyorsan fcgi2 mod_chroot gibi modüllere bakman gerekecektir.

Bu söylenenlerin nasıl yapılacağını bilmiyorsanız, sadece bilene yaptırmanız gerekir bence.