PHP handler seçimini suPHP doğrultusunda yaptıysan(ön tanımlı hali budur), lokal php.ini oluşturup içine safe_mode=off ekleyerek kapatabilirsin. PHP handleri DSO olarak kullandığından emin misin? httpd.conf içine php_admin eklediğini söylediğinde DSO olarak çalıştırdığını anlıyorum.

/usr/local/cpanel/bin/rebuild_phpconf --available çıktısını görebilir miyim?