CSS dosyanın tamamını PHP ile oluşturabilirsiniz.

style.php

<?php
header("Content-type: text/css");

//DB Baglantisi

$renk = //DB'den cekilen deger

echo "body{background-color: ".$renk.";}";

?>

daha sonra

<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.php">

şeklinde sayfana çağırabilirsin.