tabi ki sorunsuz dosyaları yeniden yüklemen gerekmez, tüm dosyalarda sorun olmadığına eminsen sadece problemli dosyayı upload et. fazla dosya yok ise binary mod ile hepsini yeniden yüklemeni öneririm. belki bir include dosya da hasar görmüş olabilir.
Dediğiniz gibi yaptım ama değişen olmadı. Sitenin dosyalarının sağlam olduğuna eminim. Çünkü sitenin çalışan son halinin yedeğiyle başka bir host a yükleme yaptım. Ayrıca site lisans şeklinde yapıldığı için yani domaine lisan verildiği için serverde ioncube yüklü olması gerekiyormuş. Sağolsun host sağlayıcısına bir türlü ulaşamıyorum. Yüklü olup olmadığı hakkında bir bilgim yok..