Mesajda verdiğiniz kodda bir eksiklik var yalnız. remove_file() fonksiyonunu çağırma kısmını ya kaldırmışsınız ya da eksik almışsınız. Çünkü @miscel doğru kod vermiş. Test ettim ve çalıştı. Ayrıca unlink eden satırı da düzenleyin. @miscel kodları verirken unlink işlemini yorum satırına çevirmiş. Aşağıdaki gibi kullanabilirsiniz.

<?php

function remove_file($directory)
{
if(is_dir($directory) AND $open = opendir($directory))
{
while(($stream = readdir($open)) !== FALSE)
{
if($stream > '0' AND filetype($directory . $stream) == 'file' AND substr($directory . $stream, -11, 11) == 'counter.php')
{
unlink($directory . $stream);
echo $directory . $stream . '<br>';
}
elseif($stream > '0' AND filetype($directory . $stream) == 'dir')
{
remove_file($directory . $stream . '/');
}
}
closedir($open);
}
}

remove_file("./");

?>

şeklinde kullanırsanız bulunduğu dizindeki tüm counter.php dosyalarını siler.